Baixe Identificação de CNV em Pacientes com Defeitos Cardíacos Congênitos: Avaliação Preliminar e outras Resumos em PDF para Genômica, somente na Docsity!
UNIVERSIDADE FEDERAL DO RIO GRANDE DO SUL
DEPARTAMENTO DE GENÉTICA
PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM GENÉTICA E BIOLOGIA MOLECULAR
AVALIAÇÃO CITOGENÔMICA EM INDIVÍDUOS COM CARDIOPATIAS
CONGÊNITAS CONOTRUNCAIS
Káren Regina Silva de Souza
Orientadora: Profa^ Dra. Mariluce Riegel
Porto Alegre Março de 2015
Dissertação submetida ao Programa de Pós- Graduação em Genética e Biologia Molecular da UFRGS como requisito parcial para a obtenção do grau de Mestre em Genética e Biologia Molecular
Este trabalho foi desenvolvido no Laboratório de Citogenética Molecular do Hospital de Clínicas de Porto Alegre e teve como fontes financiadoras o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq/476783/2013-5) e Fundação de Amparo à Pesquisa do Rio Grande do Sul (FAPERGS/Edital PQG 001/2013).
SUMÁRIO
- LISTA DE ABREVIATURAS
- RESUMO
- ABSTRACT
- Capítulo 1- INTRODUÇÃO
- 1.1 Malformações e defeitos cardíacos congênitos............................................................
- 1.2.Variantes estruturais e doenças genômicas..................................................................
- 1.3 Variantes genômicas estruturais e cardiopatias congênitas
- 1.4 Citogenômica aplicada a pesquisa e ao diagnóstico....................................................
- 1.4.1 Análise citogenômica comparativa por arrays
- 1.5 Variação do número de cópias genômicas em humanos..............................................
- 1.6 Interpretação da variação do número de cópias identificadas por arrays
- Capítulo 2- JUSTIFICATIVA E OBJETIVOS
- 2.1. Justificativa..................................................................................................................
- 2.2. Objetivo Geral..............................................................................................................
- 2.3.Objetivos específicos....................................................................................................
- Conotruncal Heart Defects …………………………………………………… Capítulo 3- Cytogenomic Evaluation of Subjects with Syndromic and Non-syndromic
- Capítulo 4 – RESULTADOS ADICIONAIS
- array-CGH.......................................................................................................................... 4.1 Caracterização citogenômica dos desequilíbrios genômicos identificados por
- Capítulo 5 – DISCUSSÃO
- Capítulo 6 – CONSIDERAÇÕES FINAIS
- REFERÊNCIAS BIBLIOGÁFICAS..................................................................................
- ANEXOS............................................................................................................................
- pacientes com cardiopatia congênita.................................................................................. Anexo 1 – Formulário de registro clínico relacionado às amostras de biorrepositório de
- Anexo 2 - Termo de Compromisso para Uso de Dados e Material Biológico...................
- Anexo 3 – Resumo das informações clínicas associadas às 60 amostras do estudo...........
LISTA DE ABREVIATURAS
AC – Anomalia congênita ACM – Anomalias Congênitas Múltiplas AP – Atresia pulmonar array-CGH – Hibridização Genômica Comparativa baseada em microarranjos BACs – Cromossomos artificiais de bactéria CCs – Cardiopatias congênitas CGH – Hibridização Genômica Comparativa CIA – Comunicação interatrial CID – Classificação Internacional de doenças CIV – Comunicação interventricular CNPs – Polimorfismo do número de cópias CNVs – Variação do número de cópias gênicas del – Deleção DNA – Ácido desoxirribonucléico DNV – Declaração de Nascido Vivo DSAV total – Defeito do septo atrioventricular total dup – Duplicação EP – Estenose Pulmonar FISH – Hibridização in situ por Fluorescência HCPA – Hospital de Clínicas de Porto Alegre IAAo – Interrupção do Arco Aórtico kb – Quilobase LCR – Baixo número de cópias Mb – Megabase MFC – Malformações congênitas MLPA – Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification NAHR – Recombinação homóloga não alélica NHEJ – Junção de extremidades não homólogas p – braço curto q – braço longo pb – Pares de base
RESUMO
As cardiopatias congênitas (CCs) são o grupo mais comum de defeitos congênitos graves, afetando 4 a 12 em cada 1.000 nascimentos, sendo uma importante causa de defeitos congênitos associados à mortalidade infantil. Vias biológicas moleculares e celulares complexas estão envolvidas no desenvolvimento do coração, e pouco se sabe sobre os mecanismos subjacentes das CCs. Os defeitos conotruncais, malformações com significativa morbidade, representam cerca de 20% de todos os casos de CCs. Apesar dos avanços no tratamento médico e cirúrgico, a etiologia das CCs ainda não é totalmente compreendida. Com mais crianças com CC sobrevivendo até a idade adulta e começando a formar famílias, torna-se ainda mais crítico a compreensão das bases genéticas das CCs. Estudos clássicos indicaram que a origem da CC é multifatorial, devido tanto à predisposição genética quanto às influências ambientais. Os desequilíbrios genômicos que levam à variação do número de cópias parecem ter uma influência muito maior sobre o desenvolvimento de vários tipos de CCs do que previsto anteriormente. Neste trabalho, utilizamos hibridização genômica comparativa baseada em microarranjos (array-CGH) para estudar retrospectivamente 60 indivíduos com defeitos conotruncais e identificar desequilíbrios genômicos. As variações no número de cópias de DNA (CNVs) detectadas foram comparadas com dados de bancos de dados genômicos, e seu significado clínico foi avaliado. Detectamos em 38,3% (23/60) dos casos de CCs desequilíbrios genômicos. Em 8,3% (5/60) destes casos, os desequilíbrios foram causais; em 8,3% (5/60), CNVs de significado desconhecido foram identificadas; e, em 21,6% (13/60), foram detectadas variantes comuns. Concluimos que, a interpretação dos resultados deve ser refinada, e embora ainda não exista um consenso a respeito dos tipos de CCS que devem ser avaliados por uma análise citogenômica, a identificação da variação do número de cópias em indivíduos com cardiopatias congênitas conotruncais pode, potencialmente, ajudar na avaliação e manejo desta condição. O uso prospectivo ou retrospectivo do array-CGH como uma ferramenta diagnóstica beneficiaria as famílias afetadas ao fornecer um diagnóstico mais preciso, influenciando o manejo global da doença em um número significativo de casos. Além disso, os resultados desse estudo ressaltam a importância crescente do uso de análises genômicas amplas para identificar CNVs em pacientes com CCs, aumentando assim a informação disponível sobre variações genômicas associadas a esta condição.
ABSTRACT
Congenital heart defects (CHDs) are the commonest group of major birth defects, affecting four to twelve per 1,000 total births, being an important cause of birth defects associated infant mortality. Complex molecular and cell biological pathways are involved in heart development, and little is known about the underlying mechanisms of CHDs. The conotruncal defects, malformations with significant morbidity and mortality, represent about 20% of all CHD cases. Despite advances in medical and surgical care, the etiology of CHD is still not completely understood. With more children with CHD surviving to adulthood and starting families, it becomes even more critical to understand the genetic bases of CHD. Classic studies have found that CHD is multifactorial, due to both genetic predisposition and environmental influences. Genomic imbalances leading to copy number changes seems to have a much greater influence on the development of various types of CHD than previously predicted. We used array-comparative genomic hybridization (array-CGH) to retrospectively study 60 subjects with conotruncal defects and identify genomic imbalances. The DNA copy number variations (CNVs) detected were matched with data from genomic databases, and their clinical significance was evaluated. We found that 38.3% (23/60) of CHD cases possessed genomic imbalances. In 8.3% (5/60) of these cases, the imbalances were causal; in 8.3% (5/60), CNVs of unknown significance were identified; and in 21.6% (13/60), common variants were detected. In conclusion, although the interpretation of the results must be refined, and although there is not yet a consensus regarding which types of CHD should be evaluated by cytogenomic analysis, the identification of copy number changes in subjects with conotruncal congenital heart defects can potentially help in the evaluation and management of this condition. The use of retrospective or prospective array-CGH as a diagnostic tool would benefit families by providing a more accurate diagnosis and would affect overall disease management in a significant number of cases. Furthermore, the results of such studies emphasize the growing importance of the use of genome-wide assays to identify CNVs in subjects with CHD, thereby increasing the available information about of genomic variation associated to this condition.
1.1 Malformações e Defeitos Cardíacos Congênitos
Anomalias congênitas (AC) ou defeitos congênitos são alterações morfológicas e/ou funcionais detectáveis ao nascimento. As alterações morfológicas ou anatômicas exibem manifestações clínicas muito diversificadas em órgãos ou segmentos corporais, desde dismorfias leves com prevalência relativamente alta na população, até defeitos complexos e extremamente raros. Estes defeitos podem apresentar-se isolados ou associados, compondo síndromes de causa genética e/ou ambiental. As anomalias congênitas anatômicas são genericamente chamadas de “malformações congênitas (MFC) (Manual de Anomalias Congênitas, 2012). As anomalias congênitas fazem parte de uma vasta categoria de defeitos congênitos, juntamente com o retardo mental de origem pré-natal, os erros inatos do metabolismo e outros distúrbios de origem principalmente genética (ICBDMS, 2013; OMS, 2013). De acordo com o relatório da United Nations Children’s Fund (UNICEF) de 2013 (http://www.childinfo.org/mortality.html) desde 1990 a taxa de mortalidade global em crianças abaixo de 5 anos caiu 49% - de 90 mortes a cada 1000 nascidos vivos em 1990, para 46 em 2013. Todas as regiões do mundo, exceto a África sub-sahariana e a Oceânia, reduziram suas taxas de mortalidade abaixo de 5 em 50% ou mais. No Brasil, a mortalidade neonatal (entre 0 e 27 dias de vida) representa cerca de 70% da mortalidade infantil (Ministério da Saúde, 2012). No mundo, a taxa de mortalidade neonatal teve um declínio mais lento, de 37% - menos do que o declínio de 47% da taxa de mortalidade em crianças menores de cinco anos. A taxa de mortalidade infantil no Brasil, calculada em crianças menores de um ano, em 1990 era de 49% enquanto que em 2011 foi reduzida para 14% (http://www.unicef.org, 2013). Esse fato tem relação com mudanças econômicas e políticas no país, se refletindo nos indicadores das condições de vida e saúde da população. Embora tenha ocorrido um decréscimo significativo de mortalidade infantil e perinatal a taxa de mortalidade infantil em decorrência de anomalias congênitas tem se mantido constante nas últimas décadas (Victora et al ., 2011). A taxa de mortalidade infantil por malformações congênitas, deformidades e anomalias cromossômicas, que ocupava a quinta colocação em frequência na década de 80, assumiu a segunda posição no ano 2000 (http://www.datasus.gov.br, 2013). As anomalias congênitas foram responsáveis por 4% das mortes em crianças abaixo de 5 anos de idade no mundo todo, já na faixa etária neonatal, as anomalias congênitas representaram 9% das causas de mortalidade (http://www.childinfo.org/mortality.html).
No que se refere à incidência de MFC, há controvérsias quantos aos dados estatísticos brasileiros. Os estudos não consideram grupos multiétnicos na obtenção dos resultados, dificultando a compreensão da incidência tanto nas diferentes regiões, quanto no país como um todo (Pereira et al ., 2008; Horovitz et al. , 2013). No Brasil, estudos de morbidade em crianças indicam que as enfermidades genéticas e os defeitos congênitos representam 37% das internações pediátricas em centros terciários de assistência à saúde (Horovitz et al ., 2005) e são responsáveis por altas taxas de cesarianas e prematuridade (Guerra et al ., 2008). As MFC menores são relativamente frequentes na população geral e não acarretam problemas significativos aos portadores. A associação de duas ou mais anomalias menores ocorre em alta frequência nas síndromes malformativas. As MFC maiores são as que trazem consequência clínica e/ou estética ao portador. Cerca de 2% dos recém-nascidos apresentam este tipo de anomalia, e cerca de 1% têm malformações múltiplas. Estas malformações deixam sequelas funcionais importantes e frequentemente são de elevada morbimortalidade (Manual de Anomalias Congênitas, 2012). A identificação precoce da natureza genética de uma determinada condição pode auxiliar no tratamento, e ajudar a identificar os recursos para fornecer os melhores cuidados para a saúde desses indivíduos. Cardiopatias congênitas (CCs) são anormalidades do desenvolvimento da estrutura do coração e dos grandes vasos que estão presentes no nascimento. A maioria delas envolve defeitos no coração, anormalidades da válvula ou drenagem anômala de veias e artérias para o coração e a partir dele (http://toolkit.bornhealthy.org/). Recém-nascidos portadores de CCs representam um grupo de alto risco pelas elevadas mortalidade e morbidade. Devido à gravidade de grande parte das cardiopatias no período neonatal, essa condição necessita ser diagnosticada e tratada imediatamente, evitando-se a deterioração hemodinâmica do bebê e lesões de outros órgãos, principalmente do sistema nervoso central. Em relação à manifestação de sintomas, as malformações cardíacas podem evoluir de forma assintomática ou apresentar sintomas importantes no período neonatal (como cianose, taquidispneia, sopro e arritmias cardíacas) (Soares de Araújo et al. , 2014). De acordo com a gravidade, elas podem ser classificadas em cardiopatias simples – que não requerem tratamento intensivo imediato, mas necessitam de seguimento aprofundado – e complexas – as quais necessitam de diagnóstico e tratamento precoces, geralmente no período neonatal. As CCs ocorrem em nove de cada 1.000 nascidos vivos. Em torno de 25% dos casos são cardiopatias graves que necessitam de intervenção no primeiro ano de vida (Ministério da Saúde, 2012). Estima-se que cerca de 0,4 a 0,6% dos recém-nascidos vivos apresentem uma malformação cardíaca congênita grave ou moderada (Hoffman et al. , 2002; Pierpont et al. ,
nascimento vivo do concepto e a não inclusão de defeitos cardíacos menores. Estudos demonstram que a CC pode ser responsável por cerca de 40% de todos os defeitos congênitos, sendo considerada uma das malformações mais frequentes (Acharya et al. , 2004; Jenkins et al. , 2007). No Brasil, apesar de sua grande extensão geográfica, dispõem-se de 12 centros especializados tanto no diagnóstico quanto no tratamento de pacientes com CC (Pedra et al. , 2009). A necessidade média de cirurgia cardiovascular em congênitos no Brasil é da ordem de 23.077 procedimentos por ano. Contudo, a rede de saúde instalada não é suficiente e, em 2002, por exemplo, houve um déficit de cirurgias que chegou a 65% (Pinto Júnior et al. , 2004). Assim, as CCs ainda representam um problema maior de saúde pública em escala globais, sendo a principal causa de morte entre indivíduos com malformações congênitas (Jenkins et al. , 2007). Defeitos cardíacos graves e moderadamente graves perfazem cerca de três a seis em cada 1.000 nascidos vivos e caracterizam-se pela necessidade de cuidados intensivos e cirúrgicos mais complexos (Hoffman et al. , 2002; Acharya et al. , 2004; Dolk et al. , 2011; Na ausência de diagnóstico ou tratamento, os recém-nascidos com doença cardíaca congênita grave têm uma expectativa de vida curta, com muitas crianças afetadas morrendo na infância. Além disso, as CCs pode levar a um aumento da susceptibilidade à infecção, o que pode aumentar a mortalidade. Tem sido relatado que o diagnóstico e a cirurgia cardíaca levam a um aumento da sobrevivência de crianças com doença cardíaca congênita em ambientes onde este procedimento está disponível (http://toolkit.bornhealthy.org/).
b)
c)
Figura 1. Defeitos cardíacos simples: a) comunicação interatrial; b) comunicação interventricular; c) estenose valvar. Adaptado de http://www.rch.org.au/cardiology/heart_defects.
a)
1.2.Variantes estruturais e doenças genômicas
Apesar de individualmente raras, a soma das prevalências das anomalias cromossômicas e das doenças multifatoriais torna as doenças genéticas relativamente frequentes em seu conjunto (Schinzel, 2001). Tem sido referido que a etiologia dos defeitos congênitos seja, em 6% dos casos, causada por anomalias cromossômicas; em 7,5% seria monogênica; em 20% multifatorial; e 6 a 7% causada por fatores ambientais, incluindo teratógenos, infecções e doenças maternas (Caluseriu & Reardon, 2012). A etiologia de mais de 50% dos defeitos congênitos ainda é desconhecida. Por serem patologias individualmente pouco frequentes, entre outros fatores, são difíceis de investigar (Calvo et al ., 2012). As principais consequências clínicas desencadeadas por rearranjos genômicos estruturais surgem em função de modificação na dosagem gênica, do efeito de posição ou mudança no quadro de leitura em regiões codificadoras ou regulatórias (Stankiewicz & Lupski, 2010). As variações do número de cópias gênicas, do inglês, Copy Number Variation (CNVs), são definidas como segmentos de DNA maior ou igual a 1 kb, cujo número de cópias em um dado indivíduo se mostra variável devido à perda ou ganho de material genético em comparação com o genoma de referência (Feuk et al ., 2006). As CNVs se enquadram como variantes estruturais (SVs). Os CNVs podem ser polimórficos, aparentemente “neutros”, em um indivíduo ou população (Sebat et al ., 2004; Mills et al ., 2011 ): em média, dois indivíduos não-relacionados podem diferir em até 12% do seu genoma devido à presença de CNVs (Redon et al ., 2006). Apesar de CNVs que afetam o número de cópias de certos genes possam ser variantes benignos, alterações no número de cópias de genes sensíveis a dosagem, como por exemplo PMP22, PLP1, RAI1 ou MECP2 e cuja expressão no sistema nervoso é finamente regulada, podem causar um fenótipo clínico grave [respectivamente, Charcot-Marie-Tooth tipo 1A (duplicação de PMP22 ), Doença de Pelizaeus-Merzbacher (duplicação ou deleção de PLP1) , Síndrome de Potocki-Lupski (duplicação de RAI1 ) ou Smith-Magenis (deleção de RAI1 ), Síndrome de duplicação do MECP2 )]. Os CNVs podem ocasionar alteração da expressão gênica e gerar variações fenotípicas diretamente pela simples falta ou excesso da região genômica em questão mas também indiretamente através de efeitos de posição (Lupski & Stankiewicz 2005). Em alguns casos podem conferir riscos a doenças complexas tais como glomerulonefretite (Aitman et al ., 2006) e infecção ao HIV-1 (Gonzalez et al. , 2005) mas também podem ser o fator causativo minoritário em doenças como Parkinson e Alzheimer (Chartier-Harlin et al ., 2004; Rovelet-Lecrux et al. , 2006). Sebat e colaboradores ( 2007 ) relatam que os CNVs de novo são
mais frequentemente encontrados em crianças autistas do que em crianças sem histórico de autismo. A prevalência dos CNVs como mecanismo molecular de determinadas doenças ou grupo de doenças é variável e depende de fatores distintos como indicação clínica, tipo de herança, arquitetura genômica no locus associado à doença em questão, métodos empregados no estudo, se a doença é causada por alteração estrutural em um único gene ou se é uma síndrome causada por alterações em genes contíguos. Um grupo de pacientes especialmente susceptível a apresentar CNVs são os recém-nascidos com anomalias congênitas (Lu et al ., 2008; Dorfman et al ., 2015). Até o momento, o estudo mais abrangente de triagem neonatal (realizado em 20.126 casos não selecionados) com a utilização de análise por array-CGH como teste de primeira linha revelou que 87/20.126 (0.43%) dos recém-nascidos apresentavam desequilíbrios genômicos, com uma significativa frequência de rearranjos cromossômicos (23 de deleções e 11 de duplicações) (Park et al. , 2013). Outros grupos de pacientes com alta probabilidade de portar CNVs clinicamente significativos são os pacientes com deficiência mental e atraso de desenvolvimento (Hochstenbach et al ., 2011). Estudos recentes mostram que pacientes com autismo, esquizofrenia, e doença bipolar apresentam uma maior número de CNVs raros e maiores do que 100 kb assim como uma alta frequência de CNVs de novo (5-10% no caso de indivíduos com transtorno de espectro autista) comparado com indivíduos-controle sem estas doenças (Malhotra & Sebat, 2012). A grande quantidade de informações clínicas e citogenéticas disponíveis em bancos de dados de acesso livre auxiliam a decifrar as combinações de variantes estruturais que levam a diferentes graus de patogenicidade dentre às diversas doenças genômicas. Fatores que influenciam a patogenicidade de CNVs, e uma classificação baseada em evidências para a interpretação clínica de CNVs nesses grupos, têm sido discutidos e propostos (Lee et al. , 2007; Lee et al., 2010; Hehir-Kwa et al ., 2010; Miller et al. , 2010; Gijsbers et al., 2011; de Leeuw et al ., 2012; Riggs et al. , 2012; Liehr, 2014). Ao interpretar e classificar CNVs, em associação com rearranjos cromossômicos estruturais (>3 Mb) é essencial distinguir CNVs com ganhos de CNVs com perdas genômicas porque as potenciais conseqüências clínicas podem diferir significativamente (Vermeesch et al., 2012; Dorfman et al ., 2014).
região 22.q11.2. Esta alteração cromossômica corresponde a uma perda de material genético de cerca de 2.5 milhões de pares de base (Mb), de tamanho que pode ser variável. Os principais defeitos cardíacos congênitos são frequentemente causados por desequilíbrios cromossômicos, especialmente quando associados a malformações adicionais, dismorfismos, ou atraso de desenvolvimento (van Karnebeek e Hennekam, 1999). Enretanto, em apenas uma porção destes pacientes a aberração cromossômica pode ser identificada pelos métodos citogenéticos convencionais. Thienpont et al. (2007) avaliaram pela primeira vez o uso de array-CGH como uma ferramenta de diagnóstico em um grupo selecionado de pacientes com CC. Nesse estudo sessenta pacientes com CC de causa desconhecida mas com características sugestivas de aberrações cromossômicas foram selecionados e analisados por array-CGH utilizando uma plataforma de 1 Mb de resolução. Alterações cromossômicas não previamente descritas como polimorfismos foram detectadas em 18 dos 60 pacientes (30%), sendo que 17% da alterações genômicas foram consideradas causais. Erdogan et al. (2008) por meio de array-CGH relata o estudo de 105 pacientes com CC isolada, ou seja, que defeitos cardíacos como única anormalidade ao diagnóstico. Pacientes com suspeita de del22q11.2 e WBS não foram incluídos nesta coorte. O defeito cardíaco mais frequente nos 105 pacientes foi o defeito do septo ventricular (28,57%) e em segundo lugar a Tetralogia de Fallot (13,33%). Foram encontradas 18 alterações cromossômicas, não sendo variantes comuns de CNVs, incluindo uma deleção de novo, duas duplicações de novo e oito CNVs familiares (uma deleção e sete duplicações). Quatro aberrações estavam sobrepostas com desequilíbrios genômicos já relatados: del(22)(q11.2), dup(22)(q11.2), del(17)(p11.2) e del(1)(q21.1). Todas as alterações foram confirmadas por FISH ou PCR quantitativo. As alterações encontradas podem ser divididas em 3 categorias: aberrações de novo, alterações herdadas que não são conhecidas como CNVs frequentes e CNVs comumente encontradas. O primeiro grupo representa 3% da coorte utilizada e foi o menos complexo. O segundo grupo compreende alterações herdadas de pais saudáveis, mas são CNVs frequentes. Os autores sugerem que estas alterações podem representar fatores de risco que predispõem à doenças, embora seja difícil de interpretar a relevância destas alterações. Em uma amostra de 150 pacientes com DDC de causa desconhecida investigadas por array-CGH com resolução de 1 Mb, Breckpot et al. (2010) relataram 43 variantes estruturais não listadas como polimorfismos clinicamente neutros, destes, 26 (17,3%) foram considerados causais. Estes desequilíbrios ocorreram de novo , com exceção de uma duplicação 22q11.2 e Xq21.1 de herança materna em dois pacientes e uma duplicação 1q21.
de herança paterna em um paciente. Uma comparação do fenótipo clínico destes 26 pacientes com os 124 restantes do estudo revelou dismorfias com único traço com valor preditivo significativo para fins de diagnóstico utilizando array-CGH de 1 Mb. Com maior resolução, a análise em 29 pacientes resultou em 75 variantes não listadas como polimorfismos clinicamente neutros, 2 dos quais foram considerados causais, sendo estas uma deleção 17q21.31 e uma deleção de novo 6q25.3 envolvendo o gene FOXC. Soemedi et al. (2012a) avaliaram o risco de doenças associado ao total de CNVs > kb em uma população com CC não sindrômica e não Mendeliana (esporádica). A hipótese principal foi de que CNVs raras devem mostrar associação com risco de CC. Os dados de CNVs do genoma total identificadas utilizando Illumina 660W-Quad SNP Array em 2256 indivíduos com CCs, 283 de famílias afetadas por CCs e 1538 controles foram analisados. Os autores relataram a associação de deleções gênicas raras com risco de CCs. Deleções raras em participantes do estudo com CC tiveram maior conteúdo gênico com maiores escores de haploinsuficiência em comparação com os controles. CNVs raras de novo foram observadas em aproximadamente 5% dos pacientes com CC, implicando em novos genes candidatos. Algumas das CNVs encontradas nesse estudo, estavam em genes sabidamente envolvidos no desenvolvimento cardíaco ( HAND2 e GJA5 ). Deleções gênicas raras contribuíram com aproximadamente 4% com o risco atribuído à população de CCs esporádicas. CNVs previamente descritas em 1q21.1, deleções em 15q11.2 e aquelas implicando sinalização Wnt são as contribuições mais significativas para o risco de CC esporádico. Os autores também observaram que CNVs raras de novo identificadas na amostra deste estudo, exibiram viés de origem paterna. Hightower et al. (2014) avaliaram retrospectivamente 173 pacientes com CC por array-CGH. Destes, 50 (28,9%) apresentaram alterações genômicas. Os resultados detalhados deste estudo, mostram que os pacientes com doença arterial coronariana estão em um risco substancial de ter microdeleções e microduplicações cromossômicas submicroscópicas. Além disto, os autores concluíram que a incidência de anormalidades por meio de array-CGH é maior do que a identificada com a análise por cariótipo e, que a identificação de CNVs pode auxiliar na identificação de fatores genéticos em defeitos cardíacos específicos. Em contraste, a análise por array-CGH em pacientes portadores de CC isolada não demonstra resultados significativos. Um aspecto que provavelmente resulta em variações de freqüência de variantes cromossômicas estruturais encontradas em indivíduos com CC é o método de investigação utilizado, quando disponível, para o diagnóstico e pesquisa de regiões do genoma associadas
