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banco de dados na saúde, Exercícios de Informática

Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre (UFCSPA)Informática

exercícios com banco de dados e informática biomédica

Tipologia: Exercícios

2025

Compartilhado em 02/07/2025

eliandra-girardi-egirardi-est
eliandra-girardi-egirardi-est 🇧🇷

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EXERCÍCIOS – Bancos de dados biológicos
NOME DOS ALUNOS: Alícia Kriger, Eliandra Girardi e Nicole Bomfim.
1. Você sabia que os códigos de acesso do GenBank podem indicar diferentes
tipos de sequências, de acordo com o prefixo?
Acesse a página do NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) e, após consulta com os códigos
de acesso abaixo, descreva o tipo de sequência armazenada por cada um.
a. NC_001133.9: Sequência de DNA (nucleotídeos)
b. NP_009365: Sequência de proteínas (aminoácidos)
c. NM_001178192.2: Sequência de DNA (mRNA)
2. Além do prefixo de sequência, cada gene depositado no GenBank recebe um
GeneID. Acesse a página do NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/), encontre o gene com
GeneID 403922 e complete as informações abaixo:
a. Nome do gene: TNF - Tumor necrosis fator
b. Espécie (nome do organismo): Canis lupus familiari
c. Coordenadas (Ex.: NT_033777.3: 5548-15691): NC_051816.1 (1219807-1221672)
d. Número de éxons: 4
e. Tamanho do gene (nt): 2,466
f. Código de acesso do mRNA: AF327899.1
g. Código de acesso da proteína: AAL26919.1
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EXERCÍCIOS – Bancos de dados biológicos NOME DOS ALUNOS: Alícia Kriger, Eliandra Girardi e Nicole Bomfim.

  1. Você sabia que os códigos de acesso do GenBank podem indicar diferentes tipos de sequências, de acordo com o prefixo? Acesse a página do NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) e, após consulta com os códigos de acesso abaixo, descreva o tipo de sequência armazenada por cada um. a. NC_001133.9: Sequência de DNA (nucleotídeos) b. NP_009365: Sequência de proteínas (aminoácidos) c. NM_001178192.2: Sequência de DNA (mRNA)
  2. Além do prefixo de sequência, cada gene depositado no GenBank recebe um GeneID. Acesse a página do NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/), encontre o gene com GeneID 403922 e complete as informações abaixo: a. Nome do gene: TNF - Tumor necrosis fator b. Espécie (nome do organismo): Canis lupus familiari c. Coordenadas (Ex.: NT_033777.3: 5548-15691): NC_051816.1 (1219807-1221672) d. Número de éxons: 4 e. Tamanho do gene (nt): 2, f. Código de acesso do mRNA: AF327899. g. Código de acesso da proteína: AAL26919.

h. Tamanho da proteína (aa): 99 i. Código de acesso da proteína no UniProtKB/Swiss-Prot: P51742. j. Sequência proteica: TVKSSSRTPSDKPVAHVVANPEAEGQLQWLSRRANALLANGVELTDNQLIVPSDG LYLIYSQVLFKGQGCPSTHVLLTHTISRFAVSYQTKVNLLSAIK

  1. Na página NCBI Nucleotide (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore), encontre a sequência com o código NT_033777.3. No canto direito da tela, localize Change region shown e digite as coordenadas 6896253 e 6999228 , após o update da página com as informações filtradas, responda: a. Que tipo de sequência está depositado com o código NT_033777.3? Sequência de DNA. b. A região entre as coordenadas 6896253 e 6999228 está associada a algum gene? Qual? Sim, com o cromossomo 3R da Dropophila melanogaster****. c. Existem diferentes mRNAs para o mesmo gene? Por que? Sim, de acordo com o livro "Estrutura, Função e Predição de Genes e de Genomas" de Arnaldo Zaha e colaboradores, existem diferentes mRNAs para o mesmo gene devido a um processo chamado splicing alternativo. Splicing alternativo é um mecanismo pelo qual diferentes combinações de exons (as partes codificadoras do gene) são unidas para formar diferentes variantes de mRNA a partir de um único gene. Isso permite que um único gene possa codificar várias proteínas diferentes, aumentando a diversidade proteica sem a necessidade de aumentar o número de genes no genoma.
  2. Na página do UniProt (https://www.uniprot.org/), em Retrieve/ID mapping , digite na caixa de busca POL1. Abaixo, selecione From: Gene Name e para Organism , digite Saccharomyces cerevisiae. A ferramenta lhe apresentará a opção: Saccharomyces

d. Na aba Annotations , em Protein Family Annotation , quais domínios são identificados? Os códigos de acesso apresentados são correspondentes a quais banco de dados? Argonaute, N-terminal domain, Piwi domain e PAZ domain, Protein Data Bank.

  1. Acesse a página do KEGG (https://www.genome.jp/kegg/) e selecione Kegg Pathway. Em organism digite o prefixo spo (relativo a Schizosacharomyces pombe ) e em keywords digite glucose. Selecione o resultado Glycolysis/Gluconeogenesis (spo00010) e responda as questões abaixo: a. O genoma de Schizosaccharomyces pombe codifica as enzimas necessárias para a conversão direta de Oxaloacetato em Fosfoenolpiruvato? Se positivo, qual o nome da enzima responsável por esta função? Sim, fosfoenolpiruvato carboxiquinase. b. Localize a lista de organismos acima do mapa e selecione Saccharomyces cerevisiae. Observe o mapa modificado e responda novamente a questão anterior (a) para esta nova espécie. Não, o genoma de Saccharomyces cerevisiae não codifica as enzimas necessárias para a conversão direta de oxaloacetato em fosfoenolpiruvato (PEP). c. Localize a enzima 2.7.1.4 e complete:

Nome do gene: Pyruvate kinase. PYK (em Saccharomyces cerevisiae, pode ser referida

como PYK1 ou PYK2).

Definição: Enzima que atua na produção de ATP. Vias metabólicas associadas: Glicólise e gliconeogênese. Motivos identificados: Domínios de ligação ao nucleotídeo: A enzima contém motivos que permitem a ligação a ATP e ADP. Domínios de regulação alostérica: A piruvato quinase é regulada por vários metabolitos, incluindo frutose-1,6-bisfosfato (ativador) e ATP (inibidor).

  1. Utilizando a sequência abaixo, realize uma busca no InterPro (https://www.ebi.ac.uk/interpro/search/sequence/) MSSKSEKLEKLRKLQAARNGTSIDDYEGDESDGDRIYDEIDEKEYRARKRQELLHDDFVVDDDGVGYVDRGVEE DWREVDNSSSDEDTGNLASKDSKRKKNIKREKDHQITDMLRTQHSKSTLLAHAKKSQKKSIPIDNFDDILGEFESG EVEKPNILLPSKLRENLNSSPTSEFKSSIKRVNGNDESSHDAGISKKVKIDPDSSTDKYLEIESSPLKLQSRKLRYA NDVQDLLDDVENSPVVATKRQNVLQDTLLANPPSAQSLADEEDDEDSDEDIILKRRTMRSVTTTRRVNIDSRSNP STSPFVTAPGTPIGIKGLTPSKSLQSNTDVATLAVNVKKEDVVDPETDTFQMFWLDYCEVNNTLILFGKVKLKDDN CVSAMVQINGLCRELFFLPREGKTPTDIHEEIIPLLMDKYGLDNIRAKPQKMKYSFELPDIPSESDYLKVLLPYQTPK SSRDTIPSDLSSDTFYHVFGGNSNIFESFVIQNRIMGPCWLDIKGADFNSIRNASHCAVEVSVDKPQNITPTTTKTM PNLRCLSLSIQTLMNPKENKQEIVSITLSAYRNISLDSPIPENIKPDDLCTLVRPPQSTSFPLGLAALAKQKLPGRVR LFNNEKAMLSCFCAMLKVEDPDVIIGHRLQNVYLDVLAHRMHDLNIPTFSSIGRRLRRTWPEKFGRGNSNMNHFF ISDICSGRLICDIANEMGQSLTPKCQSWDLSEMYQVTCEKEHKPLDIDYQNPQYQNDVNSMTMALQENITNCMIS AEVSYRIQLLTLTKQLTNLAGNAWAQTLGGTRAGRNEYILLHEFSRNGFIVPDKEGNRSRAQKQRQNEENADAPV NSKKAKYQGGLVFEPEKGLHKNYVLVMDFNSLYPSIIQEFNICFTTVDRNKEDIDELPSVPPSEVDQGVLPRLLAN LVDRRREVKKVMKTETDPHKRVQCDIRQQALKLTANSMYGCLGYVNSRFYAKPLAMLVTNKGREILMNTRQLAE SMNLLVVYGDTDSVMIDTGCDNYADAIKIGLGFKRLVNERYRLLEIDIDNVFKKLLLHAKKKYAALTVNLDKNGNGT TVLEVKGLDMKRREFCPLSRDVSIHVLNTILSDKDPEEALQEVYDYLEDIRIKVETNNIRIDKYKINMKLSKDPKAYP GGKNMPAVQVALRMRKAGRVVKAGSVITFVITKQDEIDNAADTPALSVAERAHALNEVMIKSNNLIPDPQYYLEKQ IFAPVERLLERIDSFNVVRLSEALGLDSKKYFRREGGNNNGEDINNLQPLETTITDVERFKDTVTLELSCPSCDKRF PFGGIVSSNYYRVSYNGLQCKHCEQLFTPLQLTSQIEHSIRAHISLYYAGWLQCDDSTCGIVTRQVSVFGKRCLN DGCTGVMRYKYSDKQLYNQLLYFDSLFDCEKNKKQELKPIYLPDDLDYPKEQLTESSIKALTEQNRELMETGRSV VQKYLNDCGRRYVDMTSIFDFMLN a. Qual a família proteica identificada para esta sequência? DNA-directed DNA polymerase, family B. b. Quais os domínios identificados? 534-776 (DNA_polB_alpha_exo); 837-1244 (POOLBc_alpha); 1270-1463 (zf-DNA_Pol). c. Existem processos biológicos ou funções moleculares associados? Sim, os processos biológicos são: replicação de DNA e replicação do DNA mitótico. Já os processos moleculares são: atividade da DNA polimerase no DNA, ligação de ácidos nucleicos, ligação de nucleotídeos e ligação de DNA.